Q:一管式RT-PCR與傳統兩步法區別
A:7Sea-One Tube RT-PCR(一管式RT-PCR)區別于傳統的兩步法(逆轉錄和PCR擴增分兩步完成),RNA模板逆轉錄和cDNA擴增在一個(gè)管內完成,大大降低了污染風(fēng)險、縮短了分析時(shí)間并且提高了反應的重復性。
Q:擴增產(chǎn)物可以做哪些實(shí)驗
A:產(chǎn)物可以通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳和EB染色進(jìn)行分析,進(jìn)行下游的常規操作,例如限制性酶切、連接、DNA測序、dHPLC分析;或者采用定量PCR儀進(jìn)行qRT-PCR進(jìn)行在線(xiàn)分析。
Q:試劑盒可以應用哪些領(lǐng)域
A:1、cDNA克?。ㄆ蕉诉B接、限制性酶切、瓊脂糖凝膠電泳/EB染色、熒光毛細管電泳、DNA測序等);2、特別適合RNA的qRT-PCR分析;3、RNA病毒或者RNA樣品的定量分析
Q:保真性如何
A:DNA聚合酶選用熱啟動(dòng)KOD,保真性比taq高20倍以上(產(chǎn)物適合平端連接)
Q:反應體系
A:以10ul體系為例,在微量離心管中加入以下各種成分
反應組分 | 體積 |
聚合酶 | 0.2ul |
2*PCR Buffer | 5ul |
RNA | 0.5-2ul(1pg-100ng) |
Primers | 0.5-2ul(各0.4uM) |
ddH2O | UP to 10ul |
Q:滅菌
A:實(shí)驗中盡可能使用一次性的滅菌塑料制品,玻璃容器應用0.1% DEPC在37℃處理過(guò)夜,并且高壓滅菌處理,所有的水應該用0.1% DEPC 37℃處理過(guò)夜并滅菌
Q:引物用量
A:建議引物用量為終濃度0.2-0.6uM
Q:初次實(shí)驗,如何設置RNA模板梯度
A:例如100ng、10ng、1ng、0.1ng、0.02ng總RNA
Q:陽(yáng)性對照
A:建議每組反應用內參基因做陽(yáng)性對照質(zhì)控
Q:反應為陰性
A:dNTP容易失效,反應為陰性時(shí),建議另外添加0.4mM dNTP
Q:Rnase inhibitor
A:RI可以有效防止RNA降解,并大大提高反應的重復性,建議加入終濃度0.5-1U/ul的RI,特別是微量RNA樣本分析,加入RI的效果非常明顯
Q:PCR反應循環(huán)示例
A:典型的一步法RT-PCR,包括第一階段的逆轉錄反應程序設置和第二階段的PCR擴增反應,例如(該例子為擴增400bp片段)
45℃,15min | 1cycle |
98℃,5min | 1cycle |
98℃,15sec | 40 cycles |
55℃,20sec | |
68℃,20sec | |
68℃,3min | 1cycle |
4℃,保溫 | 1cycle |
Q:長(cháng)片段
A:擴增長(cháng)片段可適當延長(cháng)逆轉錄時(shí)間(15-25min)和DNA延伸時(shí)間(1kb/min)
Q:延伸溫度
A:延伸溫度可以設定為52-72℃間,選用68℃延伸溫度,可以較好發(fā)揮KOD活性
Q:擴增低豐度模板
A:建議用45個(gè)循環(huán)
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