Q:貼壁細胞如何處理
A:貼壁細胞去除培養基,用PBS洗后,100μL RIPA裂解液(或其他哺乳動(dòng)物細胞裂解液)中加入1~5μL全能核酸酶,室溫孵育30min,收集裂解液,離心取上清即可進(jìn)行下游實(shí)驗。
Q:懸浮細胞如何處理
A:懸浮細胞離心收集后,在離心管中加入100μL RIPA裂解液(或其他哺乳動(dòng)物細胞裂解液)加1~5μL全能核酸酶,室溫孵育30min,收集裂解液,離心取上清即可進(jìn)行下游實(shí)驗。
Q:組織樣品如何處理
A:將30~100mg動(dòng)物或植物組織研磨充分后,加入100~200μL裂解液,同時(shí)加入1~5μL全能核酸酶,室溫孵育30min,收集裂解液,離心取上清即可進(jìn)行下游實(shí)驗。
Q:大腸桿菌或其他細菌如何處理
A:細菌離心收集后,用裂解液或者研磨破碎后,每100μL加入1~5μL全能核酸酶,室溫孵育30min,收集裂解液,離心取上清即可進(jìn)行下游實(shí)驗。
Q:如何稀釋
A:正常建議稀釋比例(終濃度)為1:1000~1:20000,其中時(shí)間、溫度、稀釋比例為影響反應的正面因素。
Q:是否用PBS稀釋
A:是的
Q:能否減少用量
A:如希望減少用量,可酌情提高反應溫度或延長(cháng)時(shí)間
Q:反應輔助因子
A:反應液中必須補加2-5mM Mg2+
Q:反應緩沖液
A:常用生物緩沖液,如TBS、MOPS(pH6-8)等
Q:反應抑制因子
A:在含有以下物質(zhì),Omnipotent Nuclease的活性會(huì )降低50%或以上:
>150mM 一價(jià)陽(yáng)離子, >100mM 磷酸鹽
>100mM 硫酸銨, >100mM 鹽酸胍
>0.1%SDS, >1%Triton X-100
>1%Tween 20
Q:稀釋后每次用多少量,如何試梯度?起始加多少?
A:看不同的實(shí)驗要求,添加量可以按照1/100-1/10000之間。真核細胞需要量比原核細胞量高,因為真核細胞中核酸含量高真核細胞起始添加量可以按照1/1000的比例添加,原核細胞可以按照1/10000的比例添加;4℃消化DNA添加量比室溫消化DNA添加比例高,因為室溫下Omnipotent Nuclease酶活力更高。普通CoIP實(shí)驗,蛋白質(zhì)表達實(shí)驗可以適當稍加,對DNA殘留要求高的實(shí)驗,可以按照1/100的比例添加。
Q:怎樣滅活Omnipotent Nuclease核酸酶?如何去除?
A:采用EDTA螯合金屬離子會(huì )可逆地抑制Omnipotent Nuclease核酸酶活性,極端條件會(huì )造成不可逆失活,例如:100mM NaOH,70℃處理30min等。Omnipotent Nuclease核酸酶可采用陰離子交換柱或氣相色譜法從目的產(chǎn)物中分離出去,由于這種核酸內切酶及其穩定,建議在終產(chǎn)物要求排除核酸酶的應用中不要使用Omnipotent Nuclease核酸酶。
Q:儲存條件
A:保存于-20℃。儲存buffer:20mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 2mM MgCl2, 50% glycerin。
Q:PH
A:建議反應體系pH值為6~8
Q:反應中需不需要加Mg2+
A:反應中Mg2+的終濃度為5~10mM
Q:Omnipotent Nuclease純度
A:>99%
Q:Omnipotent Nuclease作用
A:它將核酸完全消化成3-8個(gè)堿基長(cháng)度的5’-單磷酸寡核苷酸。
Q:Omnipotent Nuclease特點(diǎn)
A:無(wú)蛋白酶、內毒素污染,沒(méi)有標簽,方便下游實(shí)驗操作
Q:酶活單位定義
A:將在30min內,ΔA260降低1.0(相當于完全消化37μg DNA)定義為一個(gè)酶活單位,即1EU。
Q:Omnipotent Nuclease應用
A:1、蛋白提取時(shí)去除核酸污染:在重組蛋白純化或哺乳動(dòng)物細胞裂解物下游要求粘度較低的情況下,可以利用Omnipotent Nuclease核酸酶降低樣品粘度以利操作;
2、有效減少存放的外周血單細胞(PBMC)的結塊現象;
3、有利于不可溶性蛋白復性前,高質(zhì)量包涵體制備;
4、有效去除帶負電荷的核酸對雙向SDS-PAGE蛋白樣品的影響;
5、在非常廣泛的條件下(6M urea, 0.1 M Guanidine HCl, 0.4% Triton X100, 0.1% SDS, 1 mM EDTA, 1 mM PMSF), 降解所有形式的(雙鏈,單鏈,線(xiàn)狀,環(huán)狀)DNA和RNA;
6、去除蛋白質(zhì)產(chǎn)品中的污染,符合FDA關(guān)于核酸污染去除的規程;
7、本產(chǎn)品可以與多種細胞細菌裂解液配合使用,去除粗提物中的核酸,降低溶液粘性,提高蛋白質(zhì)產(chǎn)量。
Q:Omnipotent Nuclease核酸酶與蛋白酶抑制劑混合物是否兼容?
A:Omnipotent Nuclease核酸酶與蛋白酶抑制劑混合物兼容,但含有EDTA的蛋白酶活性抑制劑。當EDTA濃度>1mM時(shí),會(huì )抑制核酸酶活性,建議:如果必須加EDTA,按照2倍EDTA濃度補加Mg2+
Q:目的蛋白不溶,需要進(jìn)行變性條件純化。Omnipotent Nuclease核酸酶能在尿素環(huán)境降解核酸嗎?
A:實(shí)際上,Omnipotent Nuclease核酸酶在具有尿素(6M)的情況下會(huì )增加活性。在尿素濃度為6M時(shí),活性會(huì )先增加,再隨著(zhù)時(shí)間的延長(cháng)活性降低。尿素濃度為7M時(shí),Omnipotent Nuclease核酸酶會(huì )在15min后出現變性并失活。但在酶失活前,多數的核酸已被降解。如果Benzonase核酸酶的原濃度較高時(shí),會(huì )部分補償7M尿素的影響。
Q:產(chǎn)品的穩定性如何,如果不小心在室溫放置幾天后,酶活性會(huì )受到怎樣的影響?
A:室溫2-3天,對活力影響不大
Q:用全能核酸酶處理表達蛋白的粗提裂解液,來(lái)去除核酸污染,但Taq酶純化過(guò)程中避免不了少量細菌DNA的殘留
A:Taq酶純化時(shí),除了用Omnipotent Nuclease消化,后期還需要離子交換樹(shù)脂和分子篩或者透析方法去除DNA殘留
Q:反應條件
A:Omnipotent Nuclease 核酸酶的活性需要1-2mM Mg2+.而在單價(jià)陽(yáng)離子濃度>50%,磷酸濃度>20mM,硫酸銨濃度>25mM等情況下,Omnipotent Nuclease 的活性會(huì )降低50%
Q:Omnipotent Nuclease 核酸酶與蛋白酶抑制劑混合物可以兼容嗎
A:Omnipotent Nuclease 核酸酶與蛋白酶抑制劑混合物是可以兼容,但是對于含有EDTA配方的蛋白酶抑制劑混合物要特別小心,EDTA濃度大于1mM時(shí)會(huì )抑制Omnipotent Nuclease 的活性。
Q:Omnipotent Nuclease與超聲的作用區別
A:超聲的確可以破碎細胞或者組織,但是和Omnipotent Nuclease有不同之處!
1.Omnipotent Nuclease可以將DNA和RNA消化成3-8個(gè)堿基的單磷核苷酸,而超聲只能打碎為大片段,所以處理完樣品很多還是很粘稠,不易吸取上樣;所以在COIP實(shí)驗時(shí),加入Omnipotent Nuclease可以降低背景。
2.如果目的蛋白被核酸包裹,只能使用Omnipotent Nuclease將核酸消化,才能將蛋白釋放;
3.超聲就是在冰上操作,也會(huì )產(chǎn)熱,易降解熱敏感的蛋白;Omnipotent Nuclease可以在低溫下消化,不會(huì )降解目的蛋白。
Q:哪些實(shí)驗可能用得到Omnipotent Nuclease,在哪一步驟加Omnipotent Nuclease
A:例如:his蛋白純化,IP實(shí)驗。細胞裂解時(shí)
Q:樣本黏度高,不易過(guò)柱
A:細胞破碎后由于含有大量DNA和RNA,黏度很高,過(guò)柱不容易。解決的方法有兩種:1是用核酸酶。2也可以用高壓勻漿。都可以達到降低黏度的作用。
差別在于:用核酸酶,DNA和RNA可以絳解成小片段或單核苷酸;高壓勻漿用機械剪切力將DNA和RNA處理成較大的片斷。
超聲波處理在處理小量表達的時(shí)候問(wèn)題不大,但做大量蛋白表達的時(shí)候有困難。
核酸酶的另外一個(gè)重要應用是:若你的目的蛋白是DNA結合蛋白,那么純化的時(shí)候最好先用核酸酶處理。
Q:我的目的蛋白不溶,需要進(jìn)行變性條件純化。Omnipotent Nuclease核酸酶能在尿素環(huán)境消化核酸嗎?
A:實(shí)際上Omnipotent Nuclease核酸酶在有尿素(濃度可達6M)的情況下會(huì )增加活性。在尿素濃度為6M時(shí)活性先增加,隨著(zhù)時(shí)間延長(cháng)活性又有降低。尿素為7M時(shí),Omnipotent Nuclease核酸酶15分鐘后出現變性并失活。但是在酶失活前多數核酸已經(jīng)降解了。如果Omnipotent Nuclease核酸酶的原濃度較高時(shí)會(huì )部分補償7M尿素的影響。
Q:說(shuō)明書(shū)中建議100ul添加1-5ul 全能核酸酶Omnipotent Nuclease,而最下面的tips中又建議1:1000-20000稀釋?zhuān)敲瓷弦痪?-5ul是指稀釋前的量還是稀釋后?
A:說(shuō)明書(shū)上的三個(gè)例子都是從上游實(shí)驗開(kāi)始 就使用全能核酸酶 其核酸殘留較多,所以需要用量較多
如果從下游實(shí)驗開(kāi)始 其中核酸殘留本身已經(jīng)比較少 則需要的全能核酸酶的用量 按照1:1000--1:20000的比例添加即可------這也是一般工業(yè)級的使用方法
科研實(shí)驗的話(huà) 建議按照說(shuō)明書(shū)上面的建議 進(jìn)行操作 效果更佳
Q:我的樣本大概是100mL菌液,推薦買(mǎi)多少Omnipotent Nuclease核酸酶?
A:需要根據重懸菌體所需裂解液的體積來(lái)確定需要酶的量。若普通蛋白純化,則需要濃度為25U/mL;核蛋白則需要100U/mL;病毒表達蛋白純化需要濃度為12.5U/mL;疫苗產(chǎn)品需要量為0.9~1.1U/mL。
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