Q:這種直接PCR試劑盒,擴增產(chǎn)物可以做哪些實(shí)驗
A:PCR的產(chǎn)物可以通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳和EB染色進(jìn)行分析,進(jìn)行下游的常規操作,例如限制性酶切、DNA測序、dHPLC分析等
Q:適用哪些樣本
A:嫩葉片組織、植物葉片、種子等
Q:樣品處理需要多久
A:10min內完成模板制備
Q:操作流程、實(shí)驗步驟等與常規檢測方法有多少區別
A:除了無(wú)需進(jìn)行DNA抽提,其他手段兼容。
Q:樣品如何處理
A:用槍頭戳取少量嫩葉片直接PCR,或者把微量的樣品(例如剪切成3mm的葉片)加入40ul裂解液A中,75℃煮10min,再添加40ul裂解液B混勻。取1-2.5ul(2-5%總反應體積)含有植物DNA的裂解液加入PCR反應體系作為模板
Q:樣品處理后如何保存
A:可-20°儲存
Q:反應體系
A:以40ul體系示例(20-50ul/reaction),在微量離心管中加入以下各種成分
植物樣品裂解液 | 1-2.5ul |
聚合酶 | 1-2ul |
5*PCR Buffer | 8ul |
dNTP(10mM) | 0.8ul |
Primers | 1-2ul(0.25-1uM終濃度) |
ddH2O | UP to 40ul |
Q:我的樣本是嫩葉片如何預處理
A:對于新鮮嫩葉片(例如擬南芥或者多數雙子葉植物的新鮮嫩葉片),可以不需預處理,用槍頭戳取嫩葉片直接加入PCR反應體系反應
Q:我的樣品較難處理,DNA不易抽提
A:部分難處理樣品,可以加入裂解液后碾磨,再煮沸處理
Q:我的樣品為新鮮的植物汁液,是否需要預處理
A:豆漿、植物果汁或者新鮮植物汁液可以直接PCR
Q:PCR反應模板
A:需要足夠的模板(100個(gè)以上拷貝)
Q:裂解液使用量是否有要求
A:聚合酶可以耐受最高10%(V/V)的裂解液,過(guò)量裂解液會(huì )對PCR反應產(chǎn)生抑制并對下游產(chǎn)物分析產(chǎn)生不利影響,大多數情況加入2-5%(V/V)植物裂解液可以完成PCR反應
Q:如何確認加入模板的最佳范圍
A:初次實(shí)驗,建議加入1%、2.5%和5%(V/V)植物裂解液或者植物汁液
Q:dNTP不穩定
A:dNTP容易失效,反應為陰性時(shí),建議增加dNTP用量,或者更換新鮮制備的dNTP
Q:PCR反應參數設置
A:依據擴增產(chǎn)物而定,以2kb的擴增產(chǎn)物為例:94℃ 4min,35 cycles(94℃ 30 sec,55℃ 30 sec,72℃ 1 min),72℃ 5 min,4℃ soak。
Q:片段大?。?kb
A:擴增1kb以下片段,30 sec延伸即可;可用兩步擴增法(引物長(cháng)度22-25bp,68℃退火延伸)
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