Q:這種直接PCR試劑盒,擴增產(chǎn)物可以做哪些實(shí)驗
A:PCR的產(chǎn)物可以通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳和EB染色進(jìn)行分析,進(jìn)行下游的常規操作,例如限制性酶切、DNA測序、dHPLC分析等
Q:適用哪些樣本
A:轉基因食品
Q:樣品處理需要多久
A:5-20min內完成模板制備
Q:操作流程、實(shí)驗步驟等與常規檢測方法有多少區別
A:除了無(wú)需進(jìn)行DNA抽提,其他手段兼容。
Q:抽提DNA后是否需對抽提液做其他處理
A:提取的DNA可以馬上用于PCR反映,不需要去除其他蛋白、RNA或者次生代謝產(chǎn)物
Q:樣品預處理
A:食品呈現液態(tài)、油態(tài)、粉狀和顆?;驂K狀,未加工或深加工過(guò),處理方法也因此有所不同。未經(jīng)加工的食品原料預處理相對簡(jiǎn)單,深加工的食品雜質(zhì)多,DNA普遍降解,要盡量通過(guò)洗滌步驟把雜質(zhì)去除。
1、液態(tài)或漿狀:
以醬油為例,取10ml醬油,加入20ml的-20℃預冷的無(wú)水乙醇,混勻后靜置5min,12000g離心5min。棄上清,加入10-20倍體積的50mM Tris(PH 8.0-9.0)(自配),漩渦震蕩30s,充分懸浮后,12000g離心5min。棄上清,對樣品裂解處理,方法見(jiàn)樣品裂解處理步驟。
注意:盡量通過(guò)50mM Tris充分洗去鹽分和色素,如有必要洗滌兩次。
其他樣品如豆漿,可以省略加入無(wú)水酒精的沉淀步驟。
加入裂解液后,充分研磨可以明顯增加DNA的釋放。
2、油態(tài):
各種食用油中,由于加入方式不同,DNA含量差別加大,以壓榨法生產(chǎn)的油為例,通過(guò)高速離心(15000g,10min),100ml油可以得到0.5-1g左右的沉淀,加入20倍體積的50mM Tris(PH 8.0-9.0),漩渦震蕩30s,充分懸浮后,12000g離心5min。棄上清,對樣品裂解處理,方法見(jiàn)樣品裂解處理步驟。
注意:加入裂解液后,充分研磨可以明顯增加DNA的釋放。
3、粉狀:
以小麥粉為例,直接加入固體5-10倍體積的裂解液A(20-50ul),混合后70℃溫育10min,然后加入等體積的B液(20-50ul),取含有轉基因DNA的裂解液加入PCR反應體系作為模板。
4、顆?;驂K狀:
以大豆為例,先搗碎樣品,加入裂解液A,研磨至粉糊,然后對樣品裂解處理,方法見(jiàn)樣品裂解處理步驟。
Q:樣品裂解處理步驟
A:1、加入5-10倍固體成分體積的裂解液A(20-50ul),70℃處理10min,然后加入等體積的B液(20-50ul),混合后取含有轉基因DNA的裂解液加入PCR反應體系作為模板,剩余樣品可以在-20℃儲存;
2、裂解液食品樣本來(lái)源復雜,預處理方法因樣本而異,部分難處理樣品請垂詢(xún)
Q:反應體系
A:以40ul體系示例(20-50ul/reaction),在微量離心管中加入以下各種成分
樣品裂解液 | 1-2.5ul |
聚合酶 | 1-2ul |
5*PCR Buffer | 8ul |
dNTP(10mM) | 0.8ul |
Primers | 1-2ul(0.25-1uM終濃度) |
ddH2O | UP to 40ul |
Q:如何確定PCR模板量
A:食品樣品來(lái)源、形態(tài)和加工方法的不同,造成處理完的裂解液成分和模板數目千差萬(wàn)別。多數情況下,上述方法處理完的樣品,取1ul(4%總反應體積)作為PCR模板即可;第一次試驗,建議采用梯度的方法確定最佳處理液和PCR的模板加樣量。
Q:PCR反應參數設置
A:依據擴增產(chǎn)物而定,以1kb的擴增產(chǎn)物為例:94℃ 4min,35 cycles(94℃ 30 sec,55℃ 30 sec,72℃ 1 min),72℃ 5 min,4℃ 保溫。
Q:片段大?。?kb
A:擴增1kb以下片段,30 sec延伸即可;可用兩步擴增法(引物長(cháng)度22-25bp,68℃退火延伸)
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